YÖK Genel Kurulu'nun 1999 Şubat’ındaki toplantısında konuşan YÖK Başkanı Kemal Gürüz, kılık kıyafet uygulamasından ödün verilmeyeceğini vurgulayarak “Bu konuda büyük başarı sağlandı. Türbanlı öğrenciler aydınlatıldı ve aydınlatılmaya devam edilecek. Kararlığımız devam edecektir. Bu bir defalık birey değildir.” diyerek "aydınlanma" nın yolunun yasaklamalardan geçtiğini, "bilimsel" olarak açıklamış oldu. Ancak emri altındakiler (en azından bir kısmı) konuya hiç de böyle yaklaşmıyorlardı. Yozgat Fen Edebiyat Fakültesi Dekanı Yunus Akçamur, başörtüsü mağduru bir öğrencisinin hakkında açtığı davanın duruşmasında, yasağın YÖK’ten kaynaklandığını, YÖK denetçilerinin defalarca kontroller yaptıklarını ve YÖK’ün konunun üzerinde hassasiyetle gitmesi sebebiyle kendisinin de YÖK’ün talimatlarını yerine getirmek zorunda kaldığını söylüyordu.
YÖK’ün yasakları her geçen gün genişliyordu. Belli bir süre sonra YÖK'ün başörtüsü konusunda sürdürdüğü avdan, Açık Öğretim Fakültesi’nde (AÖF) okuyan öğrenciler de nasiplenmeye başladılar. AÖF Rektörlüğü tarafından öğrencilere gönderilen bir yazıda, 13-14 Mart 1999 tarihlerinde yapılan ara sınavlara başörtülü olarak katılan öğrencilerin tespit edildiği belirtilerek, “Bundan sonraki sınavlara veya akademik danışmanlık hizmetlerine başörtülü olarak girmemeniz gerekmektedir, aksi takdirde Disiplin Yönetmeliği uyarınca hakkınızda disiplin soruşturması açılacaktır.” ifadesine yer verildi. Haziran 1999'da yapılan AÖF sınavından başlayarak başörtülü öğrenciler sınavlara alınmamaya başlandı.
YÖK "bilimsel adalet"inin sınırlarını her geçen gün artırmaya devam etti. Üniversiteye girişte alan sınırlaması uygulamasına gidilerek özelde İmam Hatip Liseleri, genelde tüm meslek lisesi mezunlarının sadece kendi branşlarını seçmek zorunda bırakıldılar. Bu okullarda okuyan öğrenciler, yeni sisteme göre kendi branşlarının dışında her hangi bir fakülteyi seçmeleri halinde, yaklaşık 24 puanı yok saymak durumunda kalacaklardı. Her 1 puan dilimi içinde binlerce kişinin olduğunu düşünürsek yapılan uygulamanın ne kadar haksız olduğu daha rahat görülebilir. İmam Hatip Lisesi mezunlarının önünü kesme uygulamaları bununla da sınırlı kalmadı. Özellikle Sosyal Bilimler alanında eğitim veren hukuk ve siyasal gibi "devlet kademesindeki işlevsel" fakülteleri tercih eden İHL'liler için bir sürpriz daha yapıldı: Hukuk, Siyasal Bilgiler, İletişim gibi Türkçe-Sosyal ve Sosyal puanlarıyla öğrenci alan fakültelere giriş, Matematik ve Türkçe puan ağırlığı olan Eşit Ağırlıklı puan türüne çevrildi.
Bu iki uygulamayla hiçbir İHL'linin kendi branşı(?) dışında herhangi bir fakülteyi kazanma şansı kalmadı. YÖK'ün bu operasyonundan İlahiyat Fakülteleri de paylarına düşeni aldılar. Bazı İlahiyat Fakülteleri ile meslek yüksek okullarını kaldırma kararı alan YÖK, İlahiyat kontenjanlarına da sınırlama getirdi.
YÖK'ün, Yükseköğretim Kurumları Yönetici, Öğretim Elemanı ve Memurları Disiplin Yönetmeliği'nde Kasım 98'de yaptığı değişiklik, "tehlike"nin artık herkesin kapısını çalabileceğini bütün çıplaklığıyla ortaya koyuyordu. Çünkü câri hukuk sisteminde, her yöne çekilebilen ne kadar yasal düzenleme varsa, yeni düzenlemeyle hepsi, öğretim üyelerini üniversiteden daha kolay atabilmek için YÖK’e kazandırılmıştı. YÖK'ün 1402'likleri aratan bu düzenlemesine toplumun her kesiminden bir hayli tepki geldi, ancak YÖK, "yok öyle" dercesine zorbalığını sürdürdü. Bunun üzerine genelgenin iptali için harekete geçen öğretim görevlileri Danıştay’a beş ayda yaklaşık 900 dava açarak genelgenin akademik özgürlüğü ortadan kaldırdığını dile getirdiler. "Devletin ideolojisi"ni "korumak ve kollamak" gibi anakronik bir işlev üslenen YÖK ise, her geçen gün mağdur sayısını artırdı. Onbinlerce öğrenci bir yana, YÖK'ün son birkaç yıl içinde doğrudan ve dolaylı (YÖK'ten cesaret alan Alemdaroğlunun uygulamaları) olarak bir çok akademisyen mağdur edildi.
10.01.2001 tarihine geldiğimizde ise yasak Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde de uygulanmaya başlanmıştı. Zekeriya Beyaz göreve gelir gelmez fakültenin akademik sorunlarını çözmek için kafa yoracağına, İlahiyat Fakültesi’nde okuyan başörtülü kızları nasıl kampuse sokmam diye düşünmeye başladı. Yaklaşık 1500 kız öğrenci bugüne kadar başörtülü olarak devam ettikleri okullarına bir sabah -10 Ocak sabahı- geldiklerinde kampüs girişinde bekleyen polis kuvvetlerince okullarına alınmadılar. 1100 erkek öğrenci ise arkadaşlarına yapılan bu uygulamanın hukuka aykırı ve insan hakları ihlali olduğunu belirterek ; bu uygulamaya son verilene kadar kız öğrencilere destek vermeye devam edeceklerini belirterek okula girmediler.
2000-2001 öğretim yılından itibaren başörtüsü yasağı İmam Hatip Liseleri’nde de uygulanmaya başlandı. Daha önce okul idaresi tarafından mecburi tutulan, renk ve şekildeki başörtüsü okul idaresinin belirlediği aksi bir uygulama ile yasaklandı. 2001 yılı içerisinde başta İstanbul'da olmak üzere Türkiye'nin hemen hemen her yerindeki İHL'lerde başörtüsü yasağı ile ilgili sorunlar yaşandı. Bazı okullarda öğrenciler uzun süre okul kapısından içeri alınmadılar. Başlarını açmak istemeyen öğrencilere ise ağır disiplin cezaları verildi.
İstanbul'da Gaziosmanpaşa Kazım Karabekir, Güngören, Bakırköy, Üsküdar, Eyüp, Beykoz, Ümraniye ve Kartal İmam Hatip Liselerinde kız öğrencilerin başını açmaları için çeşitli baskılar yapıldı. Çok sayıda öğrenci, uyarma, kınama, okuldan uzaklaştırma ve okuldan tasdikname ile uzaklaştırma gibi cezalara çarptırıldı. Ödül ve Disiplin yönetmeliğine göre başörtüsü sebebiyle verilebilecek en ağır ceza "uyarma" cezası olduğu halde cezaların hemen hepsi yönetmelik hükümlerine aykırı bir biçimde, sırf cezalandırmak amacıyla verildi.
(1) Ömer Ekşi, YÖK’ün Yokettikleri.