Öğrenci affının veto edilmesinin yankıları sürerken, bu yasa tasarısıyla birlikte zor duruma düşen YÖK hemen devreye girmiş ve YÖK Genel Kurulu, disiplin yönetmeliğinde yapılan bir değişiklikle öğrencilerin “dini inanç sebebiyle boyun ve saçlarını başörtüsüyle kapatabilecekleri” kararının alındığı açıklanıyordu ve ekleniyordu: Bizce modern bir türban, çağdaştır. Ancak dikkatlice incelendiğinde görülecektir ki, YÖK, üniversitelerde kılık-kıyafet konusunun yasayla çözülmesi konusundan rahatsız olmuştur. Sorunun yasayla değil de yönetmelikler düzleminde ele alınması, yönetmelikle bugün kaldırılacak bir yasağın uygun bir zamanda yeni bir yönetmelik değişikliği ile yeniden gündeme getirilmesine imkan tanınacaktı. Bir bakıma bu veto, YÖK’e, başörtüsü sorununu kendi denetimi altında tutma zeminini hazırlamıştı.
Bu arada 10 Aralık 1988’de TBMM’den geçirilen Öğrenci Affı Yasası, 24 Aralık’ta Cumhurbaşkanı tarafından bu kez onaylanıyor ve 27 Aralık 1988 tarihli Resmi Gazete’ de yayımlanarak, başörtüsüne yasal bir dayanak oluyordu. Daha sonra 5 Ocak 1989 tarihinde Cumhurbaşkanı Evren, yasanın iptali için Anayasa Mahkemesi’ne başvurduğunu açıkladı. Anayasa Mahkemesi 7 Mart 1989’da Müslüman kadının en doğal hakkı olan başörtüsü serbestisi için çıkartılan yasayı iptal etti.
Bu iptal kararı üzerine, ülkenin her yanında protestolar başladı. Gösteriler polis zoruyla bastırılmaya çalışılıyordu. Aynı günlerde Anayasa Mahkemesi, başörtüsüne izin veren yasanın iptaline dayanarak, YÖK’e, “üniversitelerde türbanın hemen kaldırılması” yönünde telkinlerde bulunmaya başladı. Anayasa Mahkemesi Başkan vekili bu konuda “Dinsel değil, hukuksal gerekçeler daha önemlidir.”diyordu.
Üniversitelerde başörtüsüne serbestlik getiren kanunun iptaline ilişkin Anayasa Mahkemesi’nin Gerekçeli Kararı, 5 Temmuz 1989’da Resmi Gazete’ de yayımlandı. Bunun üzerine Danıştay da türbana izin veren YÖK Yönetmeliği’nin iptali için 13 öğretim üyesinin yaptığı başvuruyu görüşmek üzere harekete geçti ve 11 Temmuz 1989’da bu hükmü iptal etti.
Ülke çapında eylemler devam ederken 1989 yılının ekim ayında ANAP Lideri ve Başbakan Turgut Özal, Kenan Evren’in görev süresi dolması üzerine, Cumhurbaşkanı seçilmişti.