Ahmet Yasin’in hitabet kabiliyeti gittikçe kendini daha iyi gösteriyordu. Gazze’deki diğer davetçiler arasında yıldızı parlamaya başladı. Burada çalışan Mısır istihbaratının dikkatini çeken şeyh 1965 yılında, Mısır’da -Müslüman Kardeşler Cemaati’ne yönelik- yapılan yoğun tutuklamalardan nasibini aldı. Bu dönemde, daha önce 1954 yılında tutuklanıp serbest bırakılan Müslüman Kardeşler Cemaati’ne mensup herkes yeniden tutuklandı. Ahmet Yasin, bir aya yakın tek kişilik hücrede kaldıktan sonra geçirdiği soruşturma neticesinde kendisiyle Müslüman Kardeşler Cemaati arasında hiçbir organik bağın olmadığı anlaşılması üzerine serbest bırakıldı. Tutukluluk dönemi onun üzerinde büyük etkiler yaptı. Kendisi bu durumu şöyle özetlemektedir:
“Hapishane, haksızlıktan hoşlanmamayı içime yerleştirdi. Bu dönem, bir yönetimin meşruiyetinin o yönetimin adalet üzere olmasına ve insanların hayatlarında özgür yaşama hakkına inanmasına bağlı olduğunu kavratmıştır.”