Şeyh Ahmet Yasin’in çalışmaları işgalci Siyonistleri rahatsız etmeye başladı. Bunun üzerine işgalci siyonist yönetim1982 yılında tutuklanmasını emretti. Kendisine örgüt kurma ve silah bulundurma suçları isnat edildi ve bu suçlardan dolayı 13 yıl hapis cezası verildi. Fakat 1985 yılında işgalci güçlerle Filistin Halk Cephesi-Genel Komutanlık arasında gerçekleşen esir değişimi sonucunda serbest bırakıldı