HAMAS’ın siyasetinin Filistin Özerk Yönetimi’nden çok farklı olması nedeniyle Özerk Yönetim çoğu zaman HAMAS’a baskı kurmaya çalışıyordu. Bu bağlamda Özerk Yönetim defalarca Şeyh Ahmet Yasin’i ev hapsine zorlamıştır. Hâlbuki yönetim, Şeyhin direniş ve Filistin siyasi hayatı için ne kadar önemli olduğunu iyi biliyor ve kabul ediyordu.